一、科学统筹自然保护区发展
各市（州）、县（区）林业局要加强对新建自然保护区工作的统筹指导。在林地或土地权属不清、涉及人口过多、生物多样性丰富度较差、对全省和所在地经济社会发展影响较大的区域，原则上不宜再新建自然保护区。自然保护区一经建立，原则上不得撤销或缩小范围。因关系国家安全的重大事项，确需调减自然保护区面积或撤销自然保护区的，其所在市（州）或县（区）林业局必须在专家论证、相关利益群体听证和社会公示的基础上，征求上级林业主管部门意见，然后报原批准建立自然保护区的人民政府审批。
各市（州）、县（区）林业局要切实加强自然保护区的监管，明晰自然保护区土地、林地权属，为自然保护区的依法管理奠定法律基础。要积极组织、协调和支持所辖区域内生物多样性丰富、生态保护地位重要的自然保护区，提升管理级别，改善保护管理条件，使其在更高层次、更好地发挥生态、社会和经济效益。
二、建立健全自然保护区管理机构
建立、健全自然保护区管理机构，明确和落实管理职能，是实现自然保护区有效管理的基础和核心。各市（州）、县（区）林业局要积极协调所辖自然保护区，尽快建立和完善管理机构，确立独立法人地位，落实财政供养关系和事业经费，配备与工作任务相适应的保护管理人员。要按照属地管理原则，切实加强业务指导，帮助解决管理和发展中的实际困难。
未经我厅许可，林业系统外其它任何部门、单位和个人均不得在林业系统自然保护区内设立机构，不得将林业系统自然保护区划入其它行业、部门、机构管理，不得以任何理由和方式改变或者变相改变林业系统自然保护区的性质和隶属关系，不得违法越权出让或者变相出让自然保护区土地、自然资源与自然景观，或者违背自然保护区管理机构意志代签相关协议，也不得以任何方式占有、平调或者变相占有和平调自然保护区管理机构的资金和资产。
三、规范自然保护区管理行为
国家级和省级自然保护区要在本底资源调查的基础上，尽快编制完成总体规划。各市（州）级、县（区）级自然保护区也要积极主动做好总体规划工作。未编制总体规划、确定功能区划的自然保护区，依法按照核心区进行管理。自然保护区总体规划经批准后，除非主要保护对象和自然生态系统发生重大变化，或者涉及关系国家和省整体发展的重大项目，在规划期内原则上不进行规划修编。
各自然保护区必须尽快建立保护管理人员岗位责任制，切实加强对外来人员、资源调查、科研实习、森林防火、野外巡护、疫源疫病、生态监测、环境教育、资源利用、社区共管、生态旅游、建设项目等的统一管理。要大力加强对自然保护区内已建水电站、输电线路、旅游设施等设施的检查、监督和管理，对违法、违规以及违反行政许可和生物多样性评价报告、环境影响评价报告要求的行为，要坚决查处，务必保证野生动植物资源和自然生态系统的安全。要切实规范对国外组织和个人进入自然保护区或国际志愿者参与自然保护区工作的管理，相关活动必须按照有关外事管理规定和我厅2006年第1号公告附件13的要求，向我厅申请行政许可，严防种质资源外流和影响国家、省及地方的形象。要切实加强对有害生物入侵的防范，未经科学论证，自然保护区和周边地区不得引入外来野生动植物物种。要严格控制自然保护区内影视拍摄活动，经许可的影视拍摄和演艺活动结束后，所在自然保护区管理机构要组织专业人员，对影响程度进行调查和评估，对造成野生动植物资源和自然生态系统损坏的，必须追究相关拍摄和演艺机构的责任，并要求限期恢复原状。要严格执行《保密法》的相关规定，强化自然保护区信息管理，涉密计算机不得与互联网连接，对涉及大熊猫救护、大熊猫尸体、大熊猫主食竹开花枯死、国家一级重点保护野生动植物案件等重大和敏感信息，必须在48小时内报告我厅。各市（州）、县（区）林业局应将所辖自然保护区的森林防火工作纳入区域森林防火体系，安排必要的森林防火经费，确保自然保护区不发生森林火灾。
要加强对自然保护区内科研活动的管理。特别是对未纳入总体规划或者虽已列入总体规划但由其它科研单位或机构主持开展的科研项目和课题，且涉及核心区或国家重点保护野生动植物、或需采集野生动植物标本的，必须申请行政许可。经许可开展科研活动者，必须向自然保护区管理机构和我厅提交科研活动总结报告和科研成果副本。
四、正确处理保护与发展的关系
各市（州）、县（区）林业局和自然保护区管理机构要主动参与地方和谐社会的构建，在有效保护自然资源和自然生态系统的前提下，要积极做好国家和省重点建设项目的政策咨询和项目协调工作，并指导办理行政许可申请。在自然保护区实验区内建设公路、铁路、输电线路、输气管线、水电站、旅游宾馆、索道等关系地方经济和社会发展的设施，必须按照我厅2006年第1号公告附件14的要求，科学组织“建设项目对自然保护区自然资源、自然生态系统和主要保护对象影响评价”，签订相关补偿和管理协议，申请行政许可。
要积极推进自然保护区生态旅游。具备生态旅游开发潜力的自然保护区，按照“保护第一，统一规划，统一管理，崇尚自然，防止破坏”的原则编制生态旅游规划，申请行政许可。在生态旅游开发过程中，各市（州）、县（区）林业局和自然保护区管理机构必须坚持“自然保护区的自然资源和自然景观以及自然生态环境由自然保护区统一管理”的原则，确保自然保护区的国有森林、林木和土地使用权不流转，确保自然保护区管理机构对生态旅游开发活动的管理权和收益权不丢失，确保国有资产不流失。
要科学引导自然保护区内自然资源开发。各市（州）、县（区）林业局和自然保护区管理机构要积极参与所在区域小水电开发规划的制定工作。国家级自然保护区内规划的单个水电站的装机容量不得低于5000千瓦，生态下泄流量必须大于取水河段常年平均流量的18%；省级、市（州）级、县（区）级自然保护区内规划的单个水电站的装机容量不得低于2000千瓦，生态下泄流量必须大于取水河段常年平均流量的15%。对流域梯级开发，还必须在科学分析和评价其对野生动植物资源和自然生态系统产生的负面效应的基础上，适度提高生态下泄流量标准。要按照保护有效、利用持续、社区受益、管理规范的原则，制定自然保护区实验区内竹笋、中药材、食用菌等非木材林产品的利用方案和管理计划，通过建立社区共管机制，在有效保护野生动植物资源和自然生态系统、实现自然资源可持续利用的前提下，促进自然保护区内和周边社区居民增加经济收入，提高生活质量，为新农村建设作贡献。
五、严格自然保护区项目和资金管理
各市（州）、县（区）林业局和自然保护区管理机构必须严格按照“慎用钱”的要求，切实加强对自然保护区建设工程的监督和管理。自然保护区基本建设工程必须严格执行国家和省有关基本建设项目和资金管理的规定和程序，科学、严谨和规范地开展可行性研究、初步设计等前期工作，并按规定报批。未经批准，不得擅自调整建设内容、提高建设标准、扩大建设规模、变更建设地点。要严格执行招投标制、监理制、政府采购制和项目法人责任制，严格工程建设资金管理，不得违规挤占、挪用资金或以买代建，更不得以旧抵新套取国家资金。各建设单位必须配备合格的基本建设财务管理人员，严格遵守国家有关财经纪律。
要切实加强对自然保护区补偿资金的管理。自然保护区管理机构要严格按照补偿协议使用资金，对协议未明确使用范围的补偿资金，必须全额用于保护站建设以及开展巡山护林、生态监测、宣传教育、科学研究、执法检查、森林防火等保护性工作，不得用于福利性开支和公务性消费。
